Bên cạnh chương trình giáo dục STEM thì chương trình giáo dục Montessori cũng là một chương trình giáo dục tiến bộ và đều được khuyến khích áp dụng càng sớm càng tốt cho sự phát triển của trẻ. Cả hai đều đề cao việc thực hành trong học tập.

Phương pháp Montessori được đặt theo tên của nhà sáng lập là tiến sĩ người Ý Maria Montessori. Phương pháp này được giới thiệu lần đầu tiên vào cuối thập niên 1800, tính đến nay đã là 2 thế kỷ. Ban đầu, phương pháp này được sử dụng nhằm giúp đỡ các trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt, để các em hòa nhập với môi trường và xã hội. Nhưng nhờ vào hiệu quả vượt bậc, Montessori mở rộng đối tượng áp dụng sang tất cả trẻ em.

Nếu STEM giúp trẻ trang bị các kỹ năng tư duy cần thiết như tư duy phản biện, sáng tạo và khả năng giải quyết vấn đề thì Montessori hướng đến dạy cho trẻ tính tự lập. Vì vậy, Ecoschool đưa phương pháp giáo dục Montessori vào chương trình giảng dạy hàng ngày của nhà trường nhằm chú trọng khai thác tiềm năng bên trong mỗi đứa trẻ mà không có sự áp đặt, định hướng quá nhiều. Ecoschool tôn trọng các đặc điểm tính cách của mỗi bé và tạo điều kiện cho các bé được phát huy năng lực riêng của mình. Với phương pháp giáo dục này, trẻ được phát triển đa giác quan với các giáo cụ được thiết kế riêng để phục vụ cho phương pháp Montessori. Trẻ còn được học cách hợp tác và thỏa hiệp, cũng như chủ động khám phá môi trường xung quanh.

Việc tiếp cận với phương pháp giáo dục Montessori sẽ giúp trẻ xây dựng khả năng tự lập, không phụ thuộc nhiều vào phụ huynh từ sớm; rèn luyện khả năng tư duy và hành động độc lập; khai phá tiềm năng phát triển của trí não tại thời điểm lý tưởng nhất và giúp trẻ hình thành thói quen tự học, tự chăm sóc bản thân.